Nel 1982 la rivista Animage inizia la pubblicazione del manga "Nausicaä Della Valle Del Vento" disegnato esclusivamente da Miyazaki e riuscì a convincere l'artista a sceneggiare e dirigere un film tratto dal manga. Prodotto da Takahata per lo studio Topcraft, l'anime "Nausicaä della Valle del Vento", uscì nelle sale nel 1984.

Nel 1985, il successo ottenuto dal film suddetto permise a Miyazaki e Takahata di fare il grande salto: fondare uno studio di produzione tutto loro. Nasce così lo Studio Ghibli, luogo in cui i due registi si sarebbero potuti esprimere con la libertà che la loro creatività richiedeva e con le necessarie coperture finanziarie. Il nome dello Studio si rifà ai Ghibli, gli aerei italiani usati durante la Seconda Guerra Mondiale per le ricognizioni sopra il deserto del Sahara, che a loro volta avevano tratto il nome dal Ghibli, vento caldo tipico di questo deserto. La scelta di questo nome, fatta da Miyazaki, appassionato di aviazione, rappresenta l'entusiasmo e la determinazione nel creare qualcosa di nuovo e sensazionale nel mondo dell'animazione giapponese. A questo punto tra i due uomini si stabilisce un rapporto di complementarità, quando Miyazaki non è alla regia molto spesso produce i film di Takahata e viceversa.

La fondazione di questo studio è possibile grazie all'intervento di Tokuma Yasuyoshi, presidente della Tokuma Shoten Publishing Company e proprietario della Doei Film Studio, che, oltre ad occuparsi delle pubblicazioni più importanti, si interessa anche dello sviluppo di altri campi "minori". Anche all'interno dello Studio Ghibli egli ricopre il ruolo di presidente, ma lascia a Miyazaki e Takahata la possibilità di prendere liberamente le scelte che riguardano la produzione dello studio.

Nel campo dell'animazione giapponese, lo Studio Ghibli può essere considerato come un'eccezione, in quanto la maggior parte degli studi di animazione si occupa principalmente di serie televisive, che richiedono budget ridotti e prevedono rischi minori rispetto alla produzione di lungometraggi per il cinema, oppure si limitano a realizzare versioni cinematografiche di serie televisive già popolari. Agli inizi della loro carriera, Miyazaki e Takahata lavorarono infatti in studi che si occupavano di animazioni di questo genere; è proprio in quell'ambiente che si rendono conto dell'impossibilità di realizzare film di animazione di alta qualità, che si addentrino in profondità nei sentimenti umani, mostrando una realtà quanto più possibile vicina alla vita di tutti i giorni. è questo che li spinge alla creazione di uno studio indipendente, dopo aver portato a termine la lavorazione di "Nausicaa Della Valle Del Vento". La loro idea era di dedicarsi totalmente ad ogni lungometraggio in lavorazione, con budget e tempi sufficienti, senza mai comprometterne i contenuti e la qualità.

Dopo la fondazione dello Studio Ghibli entrano a far parte dello staff due persone. Hara Toru, precedente direttore della Top Craft, che ne diventa il direttore. E il compositore Joe Hisaishi, con cui Miyazaki e Takahata stabiliscono un proficuo sodalizio e che firmò e firma numerose colonne sonore (e degli album "derivati") dei film dello Studio.

Nel 1986, vede la luce il primo lungometraggio dello studio "Laputa Castello Nel Cielo" che narra l'avventura di due ragazzi, sulle tracce di una misteriosa e magica isola fluttuante nel cielo, (lo spunto fu la città di Laputa, descritta da Jonathan Swift ne "I viaggi di Gulliver").

Nel 1988, Takahata porta a termine "Una Tomba Per Le Lucciole", storia realistica e commovente di due orfani dopo lo scoppio della bomba atomica in Giappone che nel 1989 vince il premio "Special Award" ai Blue Ribbon Awards. E ancora nel 1994 al Chicago International Children's Film Festival vince il premio della giuria per la categoria Film d'Animazione. Mentre sempre nel 1988 Miyazaki presenta "Il Mio Vicino Totoro", poetica favola moderna sull'incontro di due bambine con un magico spirito della foresta chiamato Totoro (la cui sagoma fu poi scelta come logo dello Studio) premiata come Miglior Film dell'Anno in Giappone.

Nel 1989 con "Kiki Consegne A Domicilio" iniziano i successi al botteghino, nel paese del Sol Levante. Con essi l'ingrandimento dello Studio, la produzione di diversi film d'animazione, assunzioni permanenti di collaboratori, l'aumento dei costi e dei rischi: tutto questo ha come conseguenza un aumento delle politiche di marketing da parte dello Studio Ghibli.

Nel 1991 Takahata portò sul grande schermo "Only Yesterday" prodotto da Miyazaki. Film sui ricordi e sull'importanza di fare le scelte giuste per una vita serena e felice.

Nel 1992 Miyazaki porta a termine "Porco Rosso", il cui titolo rimane in italiano anche nelle altre lingue: esso narra le avventure di un uomo leggenda dell'aviazione italiana all'inizio degli anni '30, che a causa di una strana magia, assume le sembianze di un maiale.

Nel 1994 di nuovo Takahata termina "Pom Poko" con la collaborazione di Miyazaki per il soggetto del film premiato al Festival di Annecy.

Nel 1995, invece, lo Studio produce "I Sospiri Del Mio Cuore" affidato alla regia di Yoshifumi Kondo, animatore dello Studio stesso. Alla sceneggiatura e come produttore è impegnato Miyazaki. Il film riscouote un buon successo.

Dopo alcuni anni di lavorazione esce nel 1997, "Principess Mononoke" creata interamente da Miyazaki, che batte ogni record di incassi in Giappone e colleziona numerosi premi. Un film che inscena il difficile rapporto tra l'uomo e la natura (e tra gli uomini stessi), il suo lato violento e quello armonioso, all'interno di un'atmosfera mistica popolata di dei, ambientato in Giappone nel Periodo Muromachi (1333-1568).

Nel 1999 Takahata continua il suo lavoro regalando al pubblico "My Neighbors Yamadas", storia di una tipica e normale famiglia giapponese alle prese con la vita d tutti i giorni, e come trarre gioia e serenità dalle piccole cose della vita e della quotidianità che non sempre è accomunabile alla noia. Qui l'innovazione è sicuramente la tecnica di animazione che cambia radicalmente abbandonando il disegno tradizionale su acetato e rivolgendosi alla computer grafica. Si ha così l'impressione di un acquerello dal tratto grezzo, come se i personaggi fossero solo stati abbozzati su carta e ripresi ma mentenendo una delicatezza e semplicità che permane per tutto il film nell'animazione e nella storia. Questo è il primo film dello Studio interamente colorato e animato al computer.

In occasione dell'uscita di "Princess Mononoke" Miyazaki afferma di volersi dedicare ad altri ruoli all'interno dello Studio Ghibli, lasciando la regia ai giovani autori nel frattempo cresciuti alla sua scuola. Ritorna però presto dietro la macchina da presa e nel 2001 esce "La Città Incantata" che in patria ripete l'ormai consueto rituale di successi presso la critica e il pubblico, ma lo stesso avviene nel resto del mondo (tra i premi vinti L'Orso d'Oro al Festival di Berlino e l'Oscar 2002 per il Migliore Film d'Animazione).

Nel 2002 lo Studio produce "The Cat Returns" per la regia di Hiroyuki Morita. Il film riprende Muta e Barone, i due personaggi de "I Sospiri Del Mio Cuore", per creare una storia magica e surreale di una giovane ragazza catapultata nel Regno dei Gatti.

Nel 2004 Miyazaki partecipa invece alla 60a Mostra di Venezia con il film, "Il Castello Errante Di Howl", tratto da un libro di Diana Wynne Jones. Nel 2006 il film è candidato all'Oscar come Migliore Film d'Animazione.

Nel 2005 Miyazaki è stato insignito alla Mostra di Venezia del Leone d'Oro alla Carriera.

Nel luglio 2006, lo Studio Ghibli presenta nelle sale cinematografiche giapponesi un nuovo film. Il nome è "I Racconti di Terramare" il cui regista è Goro Miyazaki, figlio di Hayao! Il film è basato sul libro "Tales from Earthsea" di Ursula K. Le Guin e viene presentato Fuori Concorso alla 63ma Mostra di Venezia.

Nel 2008 prende vita dall'immaginazione di Hayao Miyazaki "Ponyo Sulla Scogliera", un film dedicato ai bambini di circa cinque anni, un'appassionante storia di amicizia e amore.

Nel 2010 lo Studio Ghibli, con alla regia Hiromasa Yonebayashi, porta sul grande schermo "Arrietty". La storia del piccolo popolo che vive sotto il pavimento delle abitazioni del Giappone, e dove una giovane e intraprendente ragazzina, Arrietty, stringe amicizia con il giovane ospite della casa del "piano di sopra".

Nel 2011 Goro Miyazaki dá vita al lungometraggio "La Collina Dei Papaveri", un'emozionante storia ambientata nel Giappone degli anni '60.

Nel 2013 Hayao Miyazaki crea come ultimo film prima dell'annunciato ritiro "The Wind Rises". Il film é stato presentato in concorso alla 70esima Mostra del cinema di Venezia.
Sempre nel 2013 Isao Takahata crea "The Tale Of Princess Kaguya".